Aquesta davallada tan brusca de temperatura i la pujada de nivell, no beneficia en res a aquelles espècies autòctones, que necessiten d'aigües més càlides per començar a posar els ous, és el cas de la "madrilleta", "bocudeta", et., que amb la regulació dels cabdals ha vist minvada la seua població fins portar-les fins a la pràctica desaparició.
La vegetació de les vores del riu, representa un hàbitat d'excel·lent qualitat per als al·levins, ja que ací és on reben menjar des de fora i, no hi ha tant de perill de l'atac dels predadors.
Si bé l'aigua transparent ens du a creure que l'aigua és ben neta, la manca de sediments en suspensió empobreix l'ecosistema, una de les causes més preocupants pel que fa a l'estima de vida d'una presa, són les ràpides colmatacions dels embassaments. Els sediments de vegades, venen carregats amb metalls pesants com ocorre a certs embassaments espanyols com el de Flix, aigües avall de zones industrialitzades.
L'arribada de llum al fons proporciona tanmateix, les condicions òptimes per a l'establiment de comunitats de macròfits, és a dir, plantes subaquàtiques que produeixen aliment, refugi i ecosistemes que són aprofitats per un gran nombre d'organismes. Oxigenen l'aigua i mineralitzen la matèria orgànica, donat que posen en contacte el substrat amb l'aigua.
Els més grans, i que sovint podem trobar, són els Potamogeton sp. que arriben a fer grans masses de molts metres d'alçada, però realment en són un bon grapat.
